O. Bonawentura był człowiekiem w podeszłym wieku, byłym członkiem prowincji bernardynów, człowiekiem wybitnym — mieszkał w Przeworsku i znał te tereny. Do fundacji klasztoru w Przemyślu nakłonił Piotra Cieciszewskiego z Żurawicy i jego małżonkę Felicję Szczęsną Stadnicką ze Żmigrodu. Małżonkowie ci ofiarowali zakonowi niewielką posesję i dom położony za murami miasta w pobliżu Bramy Lwowskiej. (Reformaci budowali klasztory za murami miast). W mieście w tym czasie usadowili się już franciszkanie konwentualni, dominikanie, jezuici, karmelici bosi, na Zasaniu benedyktynki; istniały katedry obu obrządków, inne kościoły i cerkwie.
Reformaci wprowadzili się do drewnianych zabudowań i sprawowali duszpasterstwo wśród ludności, której we wschodniej części Podgrodzia było bardzo dużo. Przedmieście to posiadało zabudowę drewnianą, często narażoną na pożary. W czasie pożaru w 1637 r. spłonęły również zabudowania reformackie. Tymczasowo na opustoszałym placu zbudowano tzw. „hospicjum dla braci wędrujących na wschód..." irozglądano się za nowym fundatorem. Okazał się nim być Hermolaus Tyrawski z Tyrawy, tercjarz franciszkański i przyjaciel zakonu. Z funduszów Tyrawskiego i datków innych osób wybudowano murowany kościół i klasztor, który poświęcono w 1645 r.
Obszary diecezji przemyskiej, jako kresowe, narażone były na różnego rodzaju najazdy, taki sam los podzielał klasztor reformacki położony za murami miasta, bez żadnej obrony. Wielokrotnie ucierpiał podczas najazdów kozackich (1648), od niszczycielskiej wojny szwedzkiej (1656), a w rok później wojska Jerzego Rakoczego atakując mury miejskie zniszczyły zupełnie kościół i klasztor. Żołdacy zamordowali wtedy br. Józefa Reklewskiego, który nie schronił się w miejskich murach. Po tych wydarzeniach władze wojskowe miasta postanowiły zupełnie rozebrać mury klasztoru, by w przyszłości nie służyły wrogom do obrony. Z pomocą reformatom pospieszył biskup Andrzej Trzebicki oraz Andrzej Maksymilian Fredro z Kormanic pełniący urząd wojewody podolskiego. Użył on swego autorytetui na sejmiku w Sądowej Wiszni przekonał szlachtę, że klasztor jest potrzebny miastu, że należy go odbudować, otoczyć murem obronnym, fosą i uczynić z niego barbakan dla Bramy Lwowskiej.
Tak obwarowany klasztor przetrwał do II połowy XIX w. Po r. 1856 wysokie mury obronne zaczęto obniżać do połowy na niektórych odcinkach, inne rozebrano całkiem.
W XVIII i XIX wieku klasztor i kościół rozbudowano. W 1775 r. dobudowano gmach nowicjatu, przy kościele dobudowano kaplicę poświęconą czci Najświętszego Serca Pana Jezusa (1875-1877), chór zakonny (1887), nad klasztorem zbudowano II piętro (1894).
Już po pierwszym rozbiorze Polski przez mocarstwa ościenne (1772) terytorium diecezji przemyskiej znalazło się pod zaborem austriackim. Za panowania cesarza Józefa II Kościół polski dotknięty został surowymi restrykcjami. Wiele klasztorów zlikwidowano. Klasztor przemyski usiłowano skasować dwa razy: 1786 i 1855, i przeznaczyć go na cele wojskowe. Na szczęście interwencje miejscowych biskupów i osób wpływowychspośród władz miejskich — bezpośrednio na dworze cesarskim we Wiedniu oraz (jak zaznacza Kronika): „szczególna opieka św. Antoniego patrona kościoła" oddaliły zagrożenie.
Rząd austriacki zabronił klasztorom położonym w Galicji kontaktować się z resztą klasztorów Prowincji położonych w zaborach: rosyjskim i pruskim i ażeby zabezpieczyć się przed „infiltracją wrogich wpływów politycznych za pośrednictwem wędrujących zakonników”, nakazał utworzyć z klasztorów galicyjskich: Prowincji Matki Boskiej Anielskiej i z Prowincji Ruskiej Matki Boskiej Bolesnej nową prowincję w 1785 r. Zatrzymała ona nazwę Matki Boskiej Bolesnej. Klasztor przemyski w XIX w. stanowił centrum zarządzania tą prowincją, był siedzibą prowincjała i domem studiów.
Na przestrzeni wieków w klasztorze przemyskim mieszkała zawsze pokaźna liczba zakonników: od 15-22 osób i więcej. Od r. 1660 nieomal bez przerwy w klasztorze mieściły się studia dla młodzieży zakonnej: filozofia, teologia, a w XIX w.również humanistyka. Studenci pobierali naukę na miejscu lub uczęszczali do seminarium diecezjalnego w Przemyślu, a przez pewien okres również do Studium Generalnego utworzonego przez rząd austriacki we Lwowie.
Franciszkanie reformaci stanowili w zakonie gałąź odrodzeniową i nawiązywali w swym życiu do wzorów pierwszych braci św. Franciszka. Żyli w bardzo surowym ubóstwie, modlitwie liturgicznej i rozmyślaniu. Wiele godzin w dzień i w nocy spędzali na modlitwie wspólnotowej. Sposób ich życia kierowany był Statutami. Było to odrębne w zakonie ustawodawstwo, które wypracowali właśnie reformaci. Życie według ich ustaw różniło się od innych odgałęzień w zakonie, a zarazem gwarantowało im odrębny sposób bycia. Tę inność reformatów można było zauważyć już na pierwszy rzut oka. Ich klasztory były skromne, budowane w jednolitym stylu, pozbawione bogatych form artystycznych.
Na całokształt życia w klasztorze składała się praca jego mieszkańców. Lektorzy uczyli młodzież, kaznodzieje głosili kazania ikatechizowali zarówno we własnym kościele, w kościołach miasta i okolicy, indywidualnie i w grupach misyjnych. Spowiednicy pracowali w klasztorze i w wielu innych miejscach, jak w okolicznych parafiach, w zgromadzeniach żeńskich, w seminarium duchownym diecezjalnym, w kaplicach dworskich i wśród wiernych okolicy i chorych, których przygotowywali, by spokojnie przyjęli śmierć. Była to osobliwa dziedzina duszpasterstwa u reformatów: właśnie przygotowywanie ludzi na dobrą śmierć. Zakonnicy wszyscy kolejno, w razie potrzeby chodzili za jałmużną: bracia wykonywali własne zawody, by zabezpieczyć codzienny byt materialny.
Dobrze wyposażonym warsztatem naukowym była biblioteka. Posiadała podręczniki potrzebne do studiów i ogromny zbiór literatury z różnych dziedzin. Zbiór biblioteczny (wielotysięczny) powstał z darowizn ludzi, przyjaciół klasztoru, z rozdzielnictwa książek prowadzonego przez prowincjała, w formie opłat za pogrzeby oraz z zakupów własnych. Ten bogaty księgozbiór przetrwał do dziś.
Wlatach 1864-1872 prowadzono w klasztorze szkołę dla głuchoniemych chłopców w zakresie szkoły podstawowej, utrzymywaną z opłat rodziców i z dotacji państwa. O. Konstanty Pacholik, który oddał się tej pracy po ukończeniu studiów specjalistycznych, przez dwadzieścia lat uczył nauczycieli z miasta i całej okolicy, kleryków seminariów obu obrządków — metody migów i alfabetu palcowego. Nauczyciele ci i klerycy odbywali praktykę w klasztornej szkole dla głuchych. Szkoła ta była-początkiem słynnej w Przemyślu szkoły dla dzieci głuchoniemych.
Franciszkanie byli przykładem wielkiej symbiozy ze społeczeństwem i to w bardzo licznych dziedzinach życia duchowego; spełniali zasadnicze funkcje oddziaływania społeczno-religijnego na ogół wiernych. Widoczne to było szczególnie w ich pracy kaznodziejskiej. Kaznodzieje klasztoru obsługiwali ambonę nie tylko we własnym kościele, ale i w okolicznych parafiach. W sposób stały głosili kazania w niedzielę i święta w katedrze przemyskiej w latach: 1664-1847. Funkcjękaznodziejów w tym wypadku spełniali kapłani wybitniejsi. Należy wymienić: Franciszek Rychłowski teolog i mariolog, apologeta wiary, autor wielu traktatów dogmatycznych i kazań; elekt Owaniszewski — teolog, pisarz ascetyczny i kaznodzieja: Krystyn Wolski słynny kaznodzieja i autor kazań; Melchior Mężyński — kaznodzieja, misjonarz ludowy; Nepomucen Wielowieyski teolog, wieloletni prowincjał; Błażej Chmielewski długoletni wykładowca teologii, były kaznodzieja w katedrze krakowskiej, sandomierskiej i kolegiacie zamojskiej; Konrad Kawalewski wybitny kaznodzieja, autor i wydawca kilkudziesięciu tomów kazań różnych; Konstanty Pacholik — najbardziej zasłużony dla Przemyśla, wieloletni prowincjał, wykładowca w seminarium duchownym diecezjalnym, sędzia i egzaminator prosynodalny: Laurenty Ciepliński — kaznodzieja, wieloletni prowincjał.
W XIX wieku przy braku kapłanów diecezjalnych, kapłani z klas/toru spełniali funkcje administratorów wielu parafii w diecezji, wikariuszów, a także kapelanów w zakonachżeńskich. W XVIII i XIX wieku byli kapelanami w wojsku, szpitalach i lazaretach, pracowali jako duszpasterze w czasie panujących epidemii.
Specyfiką duszpasterstwa franciszkańskiego jest również praktyka kazań pasyjnych i szerzenie kultu Męki Pańskiej poprzez erygowanie Stacji Drogi Krzyżowej w okolicznych parafiach i domach zakonnych. Mają długą tradycję i znane do dziś są tzw. Piątki Marcowe w Wielkim Poście poświęcone rozważaniu Męki Chrystusa.
Z ogromnym zaangażowaniem szerzyli kult Matki Boskiej, w szczególności przez wprowadzenie nowenn przed uroczystością Niepokalanego Poczęcia. Wszystkie święta Maryjne obchodzili na wzór uroczystości odpustowych. Kultywowali nabożeństwa do św. Franciszka z Asyżu, założyciela Zakonu; św. Antoniego, patrona Kościoła; św. Bonawentury; św. Rocha, patrona chorych; Jana Nepomucena i in.
Osobliwością kościoła klasztornego jest znajdująca się w nim duża relikwia św. Jozafata Kuncewicza, męczennika mianowicie — jego paliusz arcybiskupi zwany omoforem, który reformaci otrzymali od AndrzejaMaksymiliana Fredry z Kormanic w 1679 r. Fredro pracował dzielnie na rzecz unii. Paliusz umieszczony jest w oryginalnym relikwiarzu z autentykiem listu z 1677 r. arcybiskupa Żochowskiego z Połocka uwierzytelniającego autentyczność relikwii. Klasztor przemyski był w XVII w. ośrodkiem pracy na rzecz unii, która dokonała się w diecezji przemyskiej w 1691 r. Po kanonizacji św. Jozafata wierni obrządku wschodniego gremialnie odwiedzali kościół franciszkański i oddawali cześć relikwii świętego. Kilkanaście lat temu zostały one przekazane Grekokatolikom.
Przy klasztorze przez wszystkie lata jego istnienia gromadzili się czciciele św. Franciszka zorganizowani w Trzecim Zakonie. W XVII i XVIII w. do stowarzyszenia tego należeli ludzie szlacheckiego pochodzenia, inteligencja, mieszczanie i duchowieństwo. Była to organizacja raczej elitarna. Natomiast już w połowie XIX w. włączanie się do Trzeciego Zakonu było wręcz lawinowe. Księgi przynależności zawierają setki nazwisk osób z Przemyśla, okolicy, a nawet z odległych terenów Polski. Widzimy także nazwiskaduchownych z Przemyśla, profesorów seminarium, biskupów, kleryków i innych kapłanów.
Według zwyczaju panującego w dawnych wiekach, w podziemiach kościoła składano ciała zmarłych na wieczny spoczynek. W katakumbach pod prezbiterium grzebano ciała zakonników, natomiast pod nawa zmarłych dobrodziejów klasztoru i ludzi w jakiś sposób związanych z zakonem. Własne krypty posiadały tu znane rodziny szlacheckie z Przemyśla i okolicy bliższej i dalszej, np.: Tyrawscy, Fredrowie, Ulińscy, Humniccy, Ballowie, Wolscy, Drohojowscy. Zakrzewscy, Sławscy, Ustrzyccy, Borejkowie, Korniaktowie, Mniszchowie, Krasiccy, Charzewscy, Suchodolscy, i inni. Zwyczaj grzebania zmarłych w katakumbach przetrwał do początku XIX wieku, kiedy to ze względów higienicznych, rząd austriacki zakazał tej praktyki.
W historię klasztoru wpisana jest ciekawa i oryginalna działalność o. Krystyna Szykowskiego, gwardiana klasztoru, który w 1672 roku zebrał liczną armię mieszczan, szlachty i chłopów i uderzył na hordę Tatarówplądrujących w tym czasie okolice Przemyśla i zagrażających miastu, a zgrupowanych w tym czasie pod Kormanicami. Zwycięstwo pospolitego ruszenia pod wodzą o. Szykowskiego było decydujące. Tatarzy nie wrócili więcej pod Przemyśl. Legenda o o. Krystynie rosła przez następne lata, pisano poezje na jego cześć i artykuły w czasopismach, malowano obrazy. W 1877 r. ze składek społeczeństwa ufundowano o. Szykowskiemu pomnik przy kościele.
W dziejach ostatnich dziesiątków lat, w czasie obu wojen, klasztor położony przy głównym trakcie na wschód był wielokrotnie zajmowany przez różnego rodzaju wojska, a także był przytułkiem dla ludzi wędrujących na niepewne w różne strony. W szczególności w czasie drugiej wojny światowej ogromne ilości uciekających przed wrogami z zachodu i wschodu znajdowały tu przystań i pomoc.
Klasztor nazwano potocznie domem gościnnym dla kapłanów całej diecezji przyjeżdżających do miasta biskupiego w różnych sprawach. Na przełomie XIX i XX wieku oraz w latach następnych wielu kapłanów— profesorów seminarium oraz wielu księży emerytów w kościele klasztornym regularnie odprawiało Msze święte.
Po drugiej wojnie kapłani zakonni podjęli intensywną pracę duszpasterską we własnym kościele i rekolekcyjną w terenie. Wielu pracowało i pracuje w charakterze katechetów dzieci szkolnych. W 1967 r. w kościele wprowadzono całodzienną adorację Najświętszego Sakramentu, przez co frekwencja wiernych bardzo się zwiększyła. W 1977 r. przy klasztorze erygowano parafię. Bezpośrednie sąsiedztwo klasztoru ze stacją kolejową i autobusową sprawia, że kościół jest codziennie nawiedzany przez wiernych.