Niższe gimnazjum, tj. kl. I-IV ukończył w Tarnopolu, a od kl. V przeniósł się do Tarnowa. W 1862 roku, zagrożony wydaleniem ze szkoły za udział w manifestacjach narodowych, musiał opuścić Tarnów i wyjechał za granicę, do Triestu. Tam 31 lipca 1863 roku złożył egzamin dojrzałości w języku włoskim z wyróżnieniem.

Po ukończeniu szkoły średniej podjął studia medyczne w Wiedniu, które kontynuował na Uniwersytecie Jagiellońskim w latach 1863 – 1867. Ze względu na ciężką chorobę oraz trudne warunki materialne przerwał naukę i przeniósł się do Berlina, a stamtąd do Nowego Jorku. W Ameryce utrzymywał się z gry na fortepianie w miejscowych restauracjach oraz w szkołach gimnastyki szwedzkiej dla dziewcząt. Tutaj po raz pierwszy zainteresował się Jordan zagadnieniami wychowania fizycznego, które stało się pasją jego życia. Po powrocie do kraju kontynuował studia medyczne, a w roku 1870 otrzymał dyplom doktora medycyny. W niedługim czasie zdobył powszechne uznanie jako wybitny lekarz – specjalista położnik, nie tylko w Krakowie, aletakże w całej Galicji. Oprócz praktyki lekarskiej prowadził zajęcia dydaktyczne na Wydziale Lekarskim Uniwersytetu Jagiellońskiego. W latach 1904 – 1905 pełnił funkcję dziekana tegoż Wydziału.

Doktor Jordan był człowiekiem wybitnie zdolnym, o wszechstronnych zainteresowaniach. Pełnił wiele funkcji społecznych. W latach 1895 – 1901 był posłem do Sejmu Krajowego, gdzie usilnie walczył o reformę szpitalnictwa i ochronę zdrowia. Stał na czele Krakowskiego Towarzystwa Ginekologicznego i Towarzystwa Lekarskiego, zaś w latach 1896 – 1897 był prezesem Towarzystwa Nauczycieli Szkół Wyższych. Uczestniczył w pracach nad reformą szkolnictwa średniego, postulował m.in. wprowadzenie obowiązkowych lekcji gimnastyki oraz powołanie instytucji lekarzy szkolnych. Ale największym dziełem jego życia było założenie przy krakowskich Błoniach parku dla dzieci i młodzieży, wyposażonego w obiekty sportowe. W 1889 roku dokonano uroczystego otwarcia Parku, któremu Rada Miejska w Krakowie nadała nazwę Park Miejski im. Dra Henryka Jordana. Park Jordana był pierwszym wPolsce, a jednym z pierwszych w Europie  publicznym ogrodem gier i zabaw ruchowych oraz ćwiczeń fizycznych dla dzieci i młodzieży. Ogrody takie, dziś znane powszechnie jako „place zabaw”, przez wiele lat, od nazwiska założyciela, nazywano ogródkami jaordanowskimi.

Henryk Jordan jeden z najwybitniejszych polskich wychowawców przełomu XIX i XX wieku, pionier nowoczesnego wychowania fizycznego, a przemyślanin z urodzenia zmarł 16 maja 1907 roku w Krakowie.