Edukację szkolną przyszły ksiądz rozpoczął w szkole ćwiczeń przy męskim seminarium nauczycielskim w Rzeszowie. Od 1880 roku naukę kontynuował w rzeszowskim gimnazjum im. Stanisława Konarskiego, które ukończył z wyróżnieniem egzaminem dojrzałości złożonym 11 czerwca 1888 roku. Następne lata nauki to okres studiów teologicznych w Wyższym Seminarium Duchownym w Przemyślu. Święcenia kapłańskie otrzymał 20 lipca 1892 roku, a mszę prymicyjną odprawił w Świlczy, nowej parafii swoich rodziców.

Swoją pierwszą posadę wikarego objął ksiądz Balicki w miejscowości Polna. Tu dał się poznać jako nieprzeciętny mówca i spowiednik. Z dalekich stron ściągały tłumy, by posłuchać jego kazań, czy też przystąpić u niego do spowiedzi. Radość parafian z Polnej nie trwała długo. Jesienią 1893 roku ksiądz Jan został oddelegowany na dalsze studia do Rzymu. Studiował filozofię, prawo kanoniczne i teologię dogmatyczną na Uniwersytecie Gregoriańskim. Studia te zostały uwieńczone uzyskaniem tytułu doktora teologii w lipcu 1897 roku.

Po powrocie z Rzymu związałsię na stałe z Przemyślem.  W seminarium objął posadę profesora i przez prawie trzydzieści lat wykładał teologię dogmatyczną. W czasie swojej profesury kilkakrotnie wyjeżdżał za granicę, by pogłębić wiedzę teologiczną. Był w Rzymie, Paryżu, Fryburgu i kilku uniwersytetach niemieckich. W latach 1928 – 1934 pełnił funkcję rektora Seminarium Duchownego w Przemyślu – zrezygnował z niej ze względu na chorobę oczu.

Mimo pełnienia różnych obowiązków i funkcji kościelnych, zawsze znajdował czas na zwykłe posługiwanie ludziom i robił to z ogromną ofiarnością i oddaniem, często kosztem własnego zdrowia. Udzielał się w pracy duszpasterskiej jako spowiednik i jako kapelan szpitalny. Był wielkim społecznikiem, założył towarzystwo „Przyjaciele” opiekujące się rzemieślnikami, swoją pracą wspierał też schronisko dla służących prowadzone przez siostry bezhabitowe. Otoczył opieką młode prostytutki, chętne do prostowania swoich życiowych dróg, zakładając dla nich zakład-schronisko na peryferiach miasta, które istniało aż do wybuchu IIwojny światowej. Ksiądz Jan Balicki był człowiekiem  ogromnego serca i wielkiej pokory, nie przywiązującym żadnej wagi do rzeczy materialnych. Oprócz starej sutanny i wychodzonych butów nie posiadał nic, a wszystkie własne dochody przeznaczał na cele seminaryjne i działalność charytatywną, głównie na zakład opiekuńczy. Okres II wojny przeżył w Przemyślu, oddając się jeszcze intensywniej pracy duszpasterskiej. Całkowicie zajęty cudzymi problemami, nie myślał o sobie, toteż coraz poważniej zapadał na zdrowiu.

Zmarł 15 marca 1948 roku w przemyskim szpitalu, w opinii świętości. Pogrzeb jego, który odbył się na Cmentarzu Głównym w Przemyślu, był wielką manifestacją szacunku, czci, miłości i wdzięczności wobec wielkiego kapłana – niedościgłego spowiednika, przyjaciela biednych i potrzebujących.

Jego grób na Cmentarzu Głównym był miejscem stałej adoracji. Każdego dnia i o każdej porze można było zobaczyć zapalone świece i znicze oraz spotkać ludzi w różnym wieku pogrążonych w modlitwie, składających mu hołd,jak również proszących o pomoc i wstawiennictwo w swoich ziemskich, często beznadziejnych  sprawach.

18.08.2002 r. Jan Balicki został zaliczony przez Ojca Świętego Jana Pawła II w poczet błogosławionych, a jego relikwie pięć dni później przeniesiono do Bazyliki Archikatedralnej.